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1. 使用前的處理：
在使用緩沖鹽作流動相之前需要用不含緩沖鹽的流動相沖洗色譜柱，直至基線平穩。原則上，用于沖洗的流動相與分析時所用的流動相含水的比例相同（或含水更多），不同的只是用于沖洗用的流動相中不含緩沖鹽。理由：緩沖鹽通常易溶于水，難溶于有機溶劑。用含緩沖鹽的（特別是做流動相的水為飽和的緩沖鹽溶液時）流動相進行分析時，如果分析前色譜柱中用于保存色譜柱的流動相中含水的比例相對較小，不先沖洗掉，接下來做樣品的時候所用的流動相中如果有機溶劑含量大，而其比例中所含的水又不足以溶解該緩沖鹽時，緩沖鹽將會在色譜柱柱體上析出，沉積下來，這將可能導致上述對色譜柱的損害。
2. 使用后的處理：
用與分析時含水比例相同的流動相（與分析用流動相*的區別是，用于沖洗的流動相不含緩沖鹽）進行沖洗約30min，直至基線平穩。如果該色譜柱在接下來很長的一段時間內不使用，要長期保存，則需再加。
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