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色譜柱破裂
熔融石英毛細管柱的聚酰亞胺涂層如有少許破裂它就會斷裂，聚酰亞胺涂層保護著脆弱的熔融石英毛細管，柱箱連續地加熱和冷卻，柱箱風扇的震動，把色譜柱繞在圓形柱架上都會對毛細管造成應力，zui后在很小的弱點處會破裂，聚酰亞胺涂層形成的劃痕或磨損處會造成弱點，當利刃或薄片觸及毛細管時常會造成劃痕，色譜柱掛鉤和標簽、柱箱中的金屬邊緣、色譜柱切割器和實驗室實驗臺上各種類似的東西都是利刃或薄片的來源。
色譜柱自身破裂的情況很少，色譜柱制造業注意剔除任何有弱點的柱子，以免使色譜柱的性受到影響，大內徑柱更容易破裂。
熱損壞
超過色譜柱的溫度上限會造成色譜柱固定相和管表面的加速損壞，這樣會造成色譜柱的過量流失，活性組分形成拖尾，柱效降低。因此，在色譜柱明顯的損壞以前于溫度極限以上運行需較長時間，當有氧存在時會大大加速熱損壞，在有泄漏或過加熱加溫色譜柱會加速損壞并*性損壞色譜柱。
設定GC的zui高柱溫在色譜柱高溫極限或稍高于這一極限是避免熱損壞的方法，這樣可避免色譜柱意外的過熱，如果色譜柱受到熱損失，它仍然還會有一定的功能。把色譜柱從檢測器上卸下來，在極限的恒溫溫度下加熱8-16小時，把色譜柱接到檢測器的一端截去10-375px，按正常情況安裝色譜柱并進行老化。但是這一色譜柱不能恢復到原來的性能，可是常常仍具有一定的功能，在熱損壞之后色譜柱的壽命會縮短。
氧損壞
在近于室溫下不會對色譜柱有損害，柱溫升高時會嚴重損壞色譜柱。通常對于極性固定相，發生嚴重損壞時的溫度和氧濃度都很低。長時間暴露在氧氣中是有問題的。短時間地暴露在氧氣中如注射空氣或拿掉隔墊螺帽時不會有什么問題。
在載氣通道上有泄漏的地方（如氣路、接頭、進樣器）往往是進入氧氣的源頭。當色譜柱加熱時，就會很快損壞固定相，這就會過早地引起色譜柱的過度流失、活性化合物有拖尾、降低柱效。在不太嚴重的情況下色譜柱還會有一定的分離功能，但是性能已經下降了。在嚴重的情況下這支色譜柱就*不能使用了。
讓系統避免和氧接觸和避免泄漏是不受到氧損壞zui有效的方法，對GC系統的良好維護包括定期對管線和壓力調節器進行檢漏、定期更換隔墊，使用高純度載氣、安裝氧捕集以及不要等載氣鋼瓶用空了再進行更換。
化學損壞
有相當少數化合物會使固定相遭到破壞，不揮發性化合物（高分子量或高沸點）進入色譜柱常常會降低色譜柱的性能，但是不會破壞固定相。這些沉積的殘留物可以用溶劑沖洗色譜柱而除去以恢復色譜柱的性能。
要避免進入色譜柱的主要化合物是無機或礦物堿和酸，這類酸包括鹽酸、硫酸、硝酸和磷酸。堿包括氫氧化鉀、氫氧化鈉、氫氧化銨。這些酸和堿不揮發，積累在色譜柱前端。如果使其停留在那里就會破壞固定相，使色譜柱過早地大量流失、使活性化合物拖尾、柱效降低。其征兆和熱損失及氧損壞類似。
由于化學損失奪發生在色譜柱的前端，所以處理或把色譜柱前端切掉0,5—1m可消除任何色譜方面的故障，在比較嚴重的情況下，可以截去5m或更長的一段。如果使用保護柱就會減小色譜柱被損壞的長度，但是需要處理保護柱，酸或堿常常會破壞熔融石英管的去活表面，因而會引起活性化合物的峰型變壞。
色譜柱被污染
有兩種基本類型的污染物：不揮發性污染和半揮發性污染物，不揮發性污染物或殘留物不能從色譜柱里洗脫出來，而是累積在色譜柱里，這樣它就成為涂漬了殘留物的色譜柱，因而影響溶質的分配，即溶質溶入和蒸發出固定相的正常分配，而且殘留物還會和活性化合物相互作用，引起峰的吸附問題（甚至造成拖尾或減少峰面積）?；钚匀苜|是指那些含有羥基或氨基和一些硫醇基及醛的物質，半揮發性污染物或積累在色譜柱中的殘留物，zui終會洗脫出去。但需要幾個小時或幾天才*洗脫出來，和不揮發性殘留物一樣，它們也會引起峰形變壞和峰面積減小的問題，此外，常常引起很多基線的問題（不穩定、漂移、噪音、鬼峰等）。
污染物的來源
污染物的來源有許多，其中進樣是zui主要的來源。萃取自zui差基體的樣品，生物液體和組織、土壤、廢水等類似的含有大量半揮發和不揮發物質的基體，甚至使用仔細及*的萃取方法，樣品也會含有少許這些物質并帶到注射樣品中。幾次到幾百次進樣會造成殘留物的積累故障，進樣技術如柱上進樣、不分流進樣和大口徑柱直接進大量樣品到色譜柱中，這些進樣方法常常會造成色譜柱的污染。
保養措施
zui大限度地減少半揮發性和不揮發性樣品殘留物是減少污染問題的方法，然而污染物的存在常常是不知道的。嚴格和*的凈化樣品是防止污染問題的辦法，使用保護柱可以減輕或推遲色譜柱受到污染的損害。如果色譜柱被污染了，的辦法是用溶劑進行清洗除去污染物。建議不要使用長時間加熱的方法來處理受到污染的色譜柱。
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